Является списком (копией) с другой Черниговской иконы Божьей Матери – Ильинской, прославившейся в 1662 году в Троицком Ильинском монастыре близ Чернигова. С чудесным образом сохранившейся иконы появилось много списков, один из которых попал в пещерный храм в честь святого Архистратига Михаила в Гефсиманском скиту близ Троице-Сергиевой лавры.

Первое чудо произошло от иконы 1 сентября 1869 года: исцеление 28-летней крестьянки Тульской области Фёклы, бывшей до этого в полном расслаблении около 9 лет. Святитель Иннокентий, митрополит Московский, сам встретился с исцелённой и после тщательного опроса благословил совершать перед прославившейся иконой молебное пение.

С этого времени от иконы Божией Матери Черниговская Гефсиманская стали проистекать многочисленные исцеления, каждое из которых в монастыре засвидетельствовано должным образом. Так, через две недели после исцеления болящей Фёклы от приступов безумия исцелился крестьянин, которого родственники, прослышав о чудотворной иконе, привезли в Гефсиманский скит.

В 1922 году после закрытия Черниговского скита икона Божьей Матери была перенесена в Москву в храм во имя Преподобного Сергия Радонежского в Рогожской слободе. Когда в 1938 году храм закрыли, а большинство икон Божьей Матери сожгли во дворе, чудотворный образ удалось спасти и передать в семью христиан из Подмосковья, но после этого след иконы Божьей Матери теряется. Ныне в Гефсиманском скиту почитается список (копия) Черниговской-Гефсиманской иконы Пресвятой Богородицы.

Молитва к Пресвятой Богородице перед Ея иконой, именуемой  «Черниговская» (Гефсиманская):

О Пресвятая Дево! Мати Христа Бога на­шего, Царице Небесе и земли! Вонми многоболезненному воздыханию душ на­ших, призри с высоты святыя Твоея на нас, с верою и любовию поклоняющихся Пречис­тому образу Твоему: се бо, грехми погружаеми и скорбьми обуреваеми, взирая на Твой образ, яко живей Ти с нами, приносим сми­ренныя моления наша, не имамы бо иныя помощи, ни инаго предстательства и утеше­ния, токмо Тебе, о Мати всех скорбящих и обремененных. Помози нам немощным, уто­ли скорбь нашу, настави на путь правый нас заблудших, уврачуй болезненные сердца на­ша и спаси безнадежных. Даруй нам прочее время живота нашего в мире и покаянии проводити, подаждь христианскую кончину, и на страшном суде Сына Твоего явися нам милосердная Предстательница, да всегда по­ем, величаем и славим Тя, Благую Заступницу рода христианского, со всеми угодившими Богу. Аминь.